Di balik bayang-bayang Jepang, pertempuran rahasia terus berkecamuk. Sekitar 200.000 ninja masih ada, menjalankan misi mematikan sebagai organisasi rahasia, National Intelligence of NINJA, atau NIN. Namun, seorang penantang muncul: UNDER NINJA. Dikenal sebagai UN, ninja-ninja ini menentang NIN di setiap kesempatan. Salah satu UN adalah Kuro, seorang penyendiri di sekolah menengah yang dikirim ke garis depan. Apa nasibnya dan faksi mana yang akan menang?